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Argumento:
El juego sigue a Neku durante las tres semanas en las que participa en el Reapers' Game junto a Shiki, Joshua y Beat. Al principio, Neku está confuso: no recuerda cómo murió ni cómo llegó al UG. A medida que entabla amistad con sus compañeros y empieza a conocer las reglas del juego, Neku comienza a recordar detalles de su muerte, hasta darse cuenta de que fue Sho Minamimoto, uno de los Reapers a los que se enfrenta durante el juego, quién le disparó.
Pasada la primera semana, sólo a Shiki se le permite volver a la vida, y promete encontrarse con Neku en la estatua de Hachiko. Sin embargo, Shiki ha pasado a convertirse en lo que Neku más valora, y es retenida cómo pago por la participación de Neku en la siguiente semana de juego. Al final de la segunda semana, Joshua aparentemente se sacrifica para salvar a Neku de una bomba creada por Minamimoto.
Dado que Neku y Joshua no respetaron las reglas del juego, su partida se considera nula, y Neku debe repetirlo participando en el juego una vez más. Esta vez, el pago por su participación son todos los demás jugadores, por lo que Neku no puede formar ningún pacto para enfrentarse a los Noise y parece condenado al fracaso. Sin embargo, Beat decide abandonar a los Reapers y unirse a Neku durante la tercera semana de juego. Neku y Beat descubren que los Reapers y la población de Shibuya llevan unos pines de color rojo que hacen que tengan los mismos pensamientos. Sin misiones que completar, se aventuran en el legendario río de Shibuya, que Jushua había estado buscando durante la segunda semana. En el río se encuentran con Megumi Kitaniji, el Director. Kitaniji les explica que creó los pines en un intento de rehacer Shibuya, después de que el compositor le retase a ello; si fracasa, todo Shibuya será borrado. En ese momento Joshua reaparece para revelar que él es el Compositor, y devuelve a Neku el recuerdo de su muerte. Se descubre entonces que fue Joshua quién disparó a Neku para poder elegirle como representante en el reto que le propuso a Kitaniji. Minamimoto, que quería suplantar a Joshua como Compositor, estaba intentando matarle, ya que en su forma humana era mortal. Tras haber fracasado en el intento de vencer a Neku utilizando a sus amigos en su contra, Joshua propone a Neku un último reto: disparar a Joshua para determinar el destino de Shibuya. Neku se encuentra demasiado confuso para tomar una decisión, y finalmente Joshua le dispara. Acto seguido, Neku aparece una vez más en el cruce de caminos de Shibuya.
Los créditos del juego muestran escenas que tienen lugar siete días después. Neku se encuentra con Beat, Rhyme y Shiki (en su verdadero cuerpo) al lado de la estatua de Hachiko, indicando que tanto Neku como sus amigos han vuelto por fin al RG. Los Informes Secretos que se pueden obtener completando misiones adicionales una vez terminado el juego muestran que Joshua, al ver un cambio en la personalidad de Neku a lo largo del juego, decide no destruir Shibuya, considerándolo ahora un lugar óptimo.
Acontinuacion algunas canciones: